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本品的抗瘤譜較廣，主要用于治療消化道腫瘤，或較大劑量氟尿嘧啶治療絨毛膜上皮癌。亦常用于治療乳腺癌、卵巢癌、肺癌、宮頸癌、膀胱癌及皮膚癌等。
氟尿嘧啶注射液腐蝕皮膚后，可以每天使用高錳酸鉀清洗兩次，藥店買回的是小粒，用溫開水兌開，以手不變色最好，如果濃度大會搞傷皮膚，洗好后涂上紅霉素軟膏（實踐證明紅霉素軟膏比百多邦等好），每個四小時抹掉從新上藥膏，另外口服頭孢拉定抗生素（按要求時間服用）這樣堅持三天就會好。
本品在體內先轉變為5-氟-2-脫氧尿嘧啶核苷酸，后者抑制胸腺嘧啶核苷酸合成酶，阻斷脫氧尿嘧啶核苷酸轉變為脫氧胸腺嘧啶核苷酸，從而抑制DNA的生物合成。此外，通過阻止尿嘧啶和乳清酸摻入RNA，達到抑制RNA合成的作用。本品為細胞周期特異性藥，主要抑制S期細胞。
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