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有報告，不論有無自身免疫疾病既往史或Coombs試驗的結果如何，在磷酸氟達拉濱治療期間或治療后，會出現威脅生命，有時甚至致死的自身免疫現象（如自身免疫性溶血性貧血、自身免疫性血小板減少、血小板減少性紫癜、天皰瘡、Evan's綜合征）。大多數經歷過溶血性貧血的患者在再次接受磷酸氟達拉濱治療后出現溶血性病程的復發。
磷酸氟達拉濱是一種可能有明顯毒副作用的有效的抗腫瘤藥物。應嚴密監測用藥患者的血液系統和非血液系統毒性征象。推薦定期檢測外周血細胞計數，以了解貧血、粒細胞減少和血小板減少的進展。在成年患者中有多例三系骨髓再生不良或發育不全從而導致全血細胞減少癥，有時可導致死亡的報告。在所報告的病例中有臨床意義的細胞減少持續的時間約為兩個月至一年。這些事件在過去進行過或未經治療的患者中都有發生。
血漿中主要代謝產物2F－ara－A的機體總清除率與肌酐清除率相關，提示腎臟排泄途徑對此化合物清除的重要性。腎功能減低的患者的總暴露量（2F－ara－A的AUC）升高。對于腎功能不全（肌酐清除率[70ml/min）的患者只有有限的臨床資料。
腎功能不全的患者須慎用磷酸氟達拉濱。對于腎功能中度受損的患者（肌酐清除率在30－70ml/min之間），藥物的劑量應該減半并對患者進行嚴密監測。如果肌酐清除率小于30ml/min，應禁用磷酸氟達拉濱治療。
由于觀察到患者出現疲倦、虛弱、視覺障礙、意識錯亂、精神激動和癲癇發作，因此磷酸氟達拉濱可能降低駕駛或機械操作能力。而睡眠不足、個體敏感性和劑量尤其能消弱反應。
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