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奈韋拉平是肝細胞色素P450代謝酶(CYP3A，CYP2B)的誘導劑，其它主要由CYP3A，CYP2B代謝的藥物在與奈韋拉平合用時，奈韋拉平可以降低這些藥物血漿濃度(參見藥物代謝動力學)。因此，如果一個患者正在接受由CYP3A或CYP2B代謝的藥物的一個穩定劑量的治療，若開始合用奈韋拉平，前者藥物劑量需要調整。
核苷類逆轉錄酶抑制劑：
當奈韋拉平與疊氮胸苷(zidovudine)，didanosine或zalcitabine合用時，不需調整這些藥物的劑量。從兩組以疊氮胸苷(zidovudine)治療為背景治療的研究中(n=33)，可得到疊氮胸苷(zidovudine)的綜合數據，其中HIV-1感染的患者單獨接受奈韋拉平(400mg/天)治療，或奈韋拉平合用didanosine(200～300mg/天)或奈韋拉平合用zalcitabine(0.375～0.75mg/天)的治療，試驗結果奈韋拉平對疊氮胸苷藥時曲線下面積(AUC)的下降無顯著作用，為13%；對疊氮胸苷Cmax上升無顯著作用，為5.8%。疊氮胸苷(zidovudine)對奈韋拉平的藥動學無影響。另一交叉研究表明奈韋拉平對didonosine(n=18)或zalcitabine(n=8)的穩態藥代動力學均無影響。
對25例HIV感染的患者，應用奈韋拉平、nelfinavir(70mgtid)和stauvdine(30-40mgbid)治療36天的臨床試驗結果顯示，stauvdine的AUC或Cmax無統計學顯著變化。另外，對90名接受lamivudine加奈韋拉平和另一組是奈韋拉平加安慰劑治療的患者進行人群藥代動力學研究，結果顯示lamivudine表觀清除率和分布容積無改變。這表明奈韋拉平對lamivudine的清除無影響。
非核苷類逆轉錄酶抑制劑：臨床試驗(14例)結果顯示，奈韋拉平與efavirenz合用不影響奈韋拉平穩定狀態藥代動力學參數。但是，efavirenz與奈韋拉平合用其藥物濃度顯著下降。efavirenz的AUC下降22%，Cmax下降36%。如果與奈韋拉平合用要保證efavirenz每天的用量增加到800mg。
利用人的肝細胞微粒體的體外研究表明，奈韋拉平羥化代謝產物的形成不受氨苯砜(dapsone)、利福布丁、利福平和三甲氧芐二氨嘧啶/磺胺甲基異惡唑的影響。酮康唑和紅霉素可明顯抑制奈韋拉平羥化代謝產物的形成，尚無相關的臨床試驗。
應注意到，當與奈韋拉平合用時，作為CYP3A和CYP2B6的底物的藥物的血漿濃度可下降。基于對美沙酮代謝機制的了解，奈韋拉平可通過增加肝代謝而可能降低美沙酮的血漿濃度。據報道，同時應用奈韋拉平和美沙酮治療的患者曾出現戒斷綜合征。因此，美沙酮維持給藥的病人合用奈韋拉平時，建議仔細觀察戒斷綜合征征象并對美沙酮的劑量進行相應的調整。
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